马克思劳动价值论指出：租金是使用缺乏弹性的生产要素的报酬。可以认为，资源(如土地一类可出租带来租金的资源)的租金是缺乏供给弹性的任何一种资源的服务价格，假设资源在其余下的使用年限内可出租给生产者，那么它的所有者可望获得一系列的租金收入，这一系列租金收入的贴现值可以用来估计该项资源的现期价值。估计模型建立如下：
其中：Vt为未来资源租金收入在t年的贴现值，即t期资源价值的现值；QT为各期预期开采量；NT为单位资源的租金；r为贴现率。
为实现资本投资收益最大化，资本在不同生产要素之间不断发生转移，直到在各要素上实现的利润率相等，则应有：
Nt + 1 = Nt(1 + r)
进一步，可得：
比较Vt与Vt + 1，两期开采总量相差不大，单位租金Nt + 1 = Nt(1 + r)，可以发现t+1期资源价值或价局液族格高于t期，解释为某一资源的价值或价格随着消耗引致的稀缺性不断上升。 机会成本的概念是[[新古典经济学派]]提出的。用机会成本确定自然资源价格，不仅意味着将一部分资源开发利润计人成本，也意味着必须将未来所牺牲的收益计人成本。在无市场价格的情况下，用机会成本来间接计算资源价格，是一个可行的方法，因而机会成本理论被广泛地用于自然资源定价。其中边际机会成本定价模型就是较为先进和流行的一种。
边际机会成本(MOC)理论认为：自然资源的消耗使用应包桐弊括3种成本：①边际生产成本 (MPC)，它是指为了获得资源，必须投入的直接费用；②边际使用者成本(MUC)，即将来使用此资源的人所放弃的净效益；③边际外部成本 (MEC)，外部成本主要指在资源开发利用过程中对外部环境所造成的损失，这种损失包括目前或者将来的损失。上述3项可以用下式来表示：MOC=MPC+MUC+MEC。该理论认为：MOC表示由社会所承担的消耗一种自然资源的全部费用，在理论上应是使用者为资源消耗行为所付出的价格 P，即P=MOC。而当P<MOC时则会刺激资源过度使用，P>MOC时会抑制正常的消费。
MOC将资源与环境结合起来，从经济学的角度来度量使用资源所付出的全部代价，它弥补了传统的资源经济学中忽视资源使用所付出的环境代价以及后代人或者受害者利益的缺陷，可以说是一个新突破。另外，MOC可以作为决策的有效判据用来判别有关资源环境保护的政策措施是否合理，包括投资、管理、租税、补贴以及自然资源的控制价格等。但将其应用于自然资源价格测算仍存在着严重的缺陷，主要表现在：①应用较困难。在公式 MOC=MPC+MUC+MEC中，MPC的获取比较容易，而MUC、MEC则比较困难。②缺乏可比性。由于同一资源在不同地区MUC、MEC的计算的内容方法不同，使MOC缺乏可比性，难以进行时空分析和从宏观上把握资源价格的变化。 自然资源使用制度，是自然资源开发利用过程中涉及资源与保护和产权诸方面的经济政策、法律制度和行政管理制度的总和。我国自然资源使用制度研究主要集中在市场化改革方面。通过对我国资源传统产权制度进行制度经济分析，可以看出我国经济体制改革以前，资源产权制度类型主要为公有制基础上的工资契约制度和集体分成制度。两种类型在本质上都属于多层代理经营关系，容易产生 “政府代理失效”，造成资源的配置效率极低。作为自然资源的公共产权主体，国家不仅对资源拥有积极的权能，既可以占有、使用、收益和处分资源，也可以行使其消极的权能，即排除一切非法的侵犯。但国家是个抽象的、不清晰的集合，权利无法被具体界定到某个人，因而，要切实行使自然资源的所有权，国家必须把这一所有权委托给中央政府；而中央政府不可能直接控制那么多的资源，所以又必须委托给中央政府各部门和地方政府去管理；各部门和地方政府又不可能事无巨细地全面控制和管理这些资源，它们必须寻找代理人――自然资源管理部门直接管理。这样，自然资源的产权必然被层层委托给众多具体代理人去行使，其间必须经过很多中间环节。然而，国家及其各级委托代理人都有着不同的行为和利益目标。每个环节的代理人与它的委托人的利益目标都可能存在差异，从国家到最后代理人，这种利益目标差异可埋岁能会越来越大。这样，就存在着代理人行为严重背离自然资源公共产权主体和终极所有权人利益的可能。为了协调自然资源各级代理机构的目标，督促它们恪尽职守，国家还需设立相应的协调、监督机构。同代理机构一样，各级协调、监督代理机构及其组成人员都有着各自的行为目标，其目标可能既有经济性的，又有政治性的。因而，各级代理人和协调、监督机构在履行职责时，必然要作利益衡量，而衡量的标准是自己的利益目标。当行为结果符合自己的目标时，就会积极行动，自然资源公共产权主体的委托目标就会实现，公共产权主体的所有者的地位得到维护；反之则相反。这里存在着信息不对称、代理者被俘虏、代理者有限理性及代理者创租卖租等政府失效和代理失效问题。其主要原因是代理者的机会主义行为。
20世纪80年代进行的资源产权制度改革大大地降低了监督成本，但资源的维持成本以及流转交易成本很高。90年代，新制度经济学传人国内。同时，经济体制改革得到进一步深化，在指导思想上也明确了市场经济体制的改革目标。在这样的理论和实践背景条件下，自然资源经济研究集中于利用现代西方新制度经济理论尤其是产权理论对我国自然资源的传统管理制度进行分析，并提出了各自的产权制度模式。随着我国向市场经济渐进步伐的加快，我国自然资源产权制度也发生了从计划经济向市场经济的制度变迁。这种渐进的变迁可以分为三个历史阶段，即从公有产权 “完全”所有阶段――开发利用产权无偿授予阶段 ――开发利用产权有偿获得和可交易阶段。其中每一个历史阶段都有特定产权制度安排，总体上制度变迁在向有利于自然资源合理配置的方向渐进。无论从资源配置效率，还是从制度变迁角度进行分析，其结论都表明市场化是我国自然资源产权制度改革的方向。但不可忽视的事实是，横向和纵向的数据比较表明，我国自然资源产权市场配置的效率是低效的。这可从每年发布的环境公报中得到证明，并可从近些年我国环境国际竞争力的排名在排名国家中连续多年排在倒数几位甚至倒数第一位中得到佐证。
从资源经济学的角度看，对自然资源的保护应是“使自然资源在时间上的配置对社会最优”。由于私人最优与社会最优的条件是有差别的，加上可再生自然资源本身所固有的特性，决定了自然资源在自由市场中的个人最优配置与社会最优配置之问存在着巨大的偏差，私人最优会背离社会的高效率配置，且不能保证代际平等。此外，最优配置原则在配置动态发展的自然资源时，对很长时间范围的利率适用性、风险、不可逆性等问题，市场机制还难以发挥作用。因此，对涉及很长时间范围、具有大量不确定性和不可逆性、并且缺乏市场机制发生作用必要条件的自然资源管理的决策问题时，保护主义者处理方法中固有的谨慎、反对冒险和采取自我克制的精神，还是值得提倡的。 在我国自然资源产权市场化改革方向已成为共识的情况下，理论界对自然资源产权市场具体模式、机制的分析研究逐步展开。对于资源产权市场的性质，主流的观点认为应该是使用权交易市场。在我国，资源属于国家所有，使用权交易市场的性质是符合这一所有制前提的。关于资源产权市场的结构，考虑到我国资源和经济发展的实际情况，应是一个多层次的权力关系体系：包括国家有偿出让资源经营权给资源经营者，资源经营权在经营者之间的流转等层次。
王万山(2003)从自然资源产权市场交易的三个层次，即初始产权界定、交易权规定和交易制度安排上综合研究了我国资源产权市场的制度优化建设途径，提出了三步连续而渐进的制度改变策略：第一，建立市场化的资源公共产权规制模式；第二，在现有的资源所有权安排条件下，实现资源使用权和经营权的市场化；第三，实行多元化和市场化的资源所有权制度，形成公私产权对接的完善的资源产权混合市场。根据自然资源产权多样化特征，应分门别类建立起多样的所有权体系，建立和健全具有权威性的自然资源管理机构，利用产权制度规范自然资源产权市场的建立和运行。对于产权界限比较清晰的自然资源，应在平衡公共利益和所有者与使用者利益前提下，根据其使用、经营的公共性和外部性大小，将自然资源的所有权分配或拍卖给不同的产权主体；对于产权边界模糊而难以界定、外部性很大的自然资源，应继续以公共产权主体为所有者，但需要改变目前政出多门的所有权结构，由统一的政府机构组织作为单一的所有者来管理，以减少相互危害的外部性。其间可考虑建立政府监督管理和委托代理制度，从而实现对各类型自然资源的有效管理。这一研究的意义在于为我国自然资源政府管制与市场对接的混合市场安排提供了理论依据，对我国至今仍然保持强大“计划”惯性的自然资源管理体制如何引人市场机制以建立政府一市场一企业(农户)相融合的中国自然资源“混合市场”制度具有重要参考价值。
与上述观点不同，有学者认为我国资源产权市场属性应是所有权交易市场。其理由主要有：(1) 自然资源所有权交易是自然资源成为商品，最终成为资本和资产的前提；(2)自然资源所有权交易是厂商实现利益最大化、政府代表公共选择的保证。这一观点提出了两个重要的理论问题：所有权经济上的实现与市场的关系，公有制与市场经济的相容问题。其中公有制经济与市场经济相容问题是整个国有企业改革的一个重要课题。从国际资源利用的制度主流来看，大多数国家还是建立以资源国有为基础的产权市场。